На сегодняшний день существует множество способов защиты флешки от вирусов, 100% защиты никто из антивирусников дать не может. Существует множество вирусов которые используют именно ЮСБ накопители в качестве плацдарма для атаки на ваш комп.

---

Итак, что же делать если вирус скрыл папки на флешке?

1. Прогнать флешку через антивирусники, желательно с последними базами.

2. Для того чтобы папки вновь стали видны проделайте следующее: Открываем файловый менеджер, например Тотал комадер лезем в конфигурации — далее выбираем вкладку содержимое панели и ставим галочку напротив пункта показывать скрытые системные файлы.
Теперь скрытые папки отображаются у нас на флешке.

3. Выделяем все скрытые папки с usb флешки лезем в меню файл далее сменить атрибуты и убираем галочки с атрибутов СКРЫТЫЙ, СИСТЕМНЫЙ И ТОЛЬКО ДЛЯ ЧТЕНИЯ.

4. Все ваши папки снова отображаются нормально.

Ну и самое главное если флешка с важной информацией не надо ее сувать куда попало это сбережет вам время и деньги.